- Pio életében a stigmák mellett legismertebb és több tanú által igazolt rendkívüli jelenség a gyónók lelkének, gondolatainak olvasása, valamint az ún. bilokáció (egyszerre két helyen való jelenlét). Közismert, több esetben tanúsított és sokszor vizsgált jelenség volt továbbá a rendkívül magas testhőmérséklet (48 fok) és egy nagyon kellemes, intenzív virágillat, amely jelenlétéhez vagy az általa használt tárgyakhoz kötődött.

- Egy csoda, amit Pio atya első csodájaként azonosítottak, 1908-ban történt. Akkor Montefusco monostorában élt.
Egy napon egy zsákba gesztenyéket gyűjtött, amik egy közeli erdőben nőttek, és a zsákot Pietrelcinába küldte a nagynénjének, Dariának. Nagynénje mindig nagy szeretettel volt iránta.
Az asszony megette a gesztenyéket és eltette a zsákot. Néhány nappal később valamit keresett egy fiókban, ahol a férje általában a puskaport tartotta.
Ez este volt, úgyhogy egy gyertyát használt, hogy világítson vele a szobában, amikor hirtelen a fiók kigyulladt, és Daria nagynéni arca megégett. Hirtelen felkapta azt a zsákot, amit Piótól kapott, és enyhülést keresve az arcára tette.
A fájdalma azonnal eltűnt és nem maradt seb vagy égésnyom az arcán.

A második világháború alatt Olaszországban a kenyeret jegyre adták. Pio atya monostorának mindig sok vendége volt és ott voltak a szegények is, akik ételért jöttek.
Egy napon a szerzetesek az ebédlőbe mentek és rájöttek, hogy a kosárban csak alig két vekni kenyér van. Imádkoztak és leültek mielőtt elkezdtek volna enni. Pio atya bement a templomba, és amikor visszatért, egy halom kenyeret tartott a kezében.
A felettese kérdezte Pio atyát: "Hol kaptad ezt a több vekni kenyeret?"
- "Egy zarándok az ajtónál nekem adta őket", válaszolta Pio atya. Senki sem kommentálta az esetet, de mindenki azt gondolta, hogy csak Pio atya találkozhatott ilyen zarándokkal.

- Egyszer Pio atya monostorában egy szerzetes elfelejtett ostyát előkészíteni a szentmise áldozathoz, az Eucharisztiához. Csak néhány rendelkezésre álló ostya volt.
De az átváltoztatás után, amikor Pio atya elkezdte kiosztani az ostyát az embereknek, több ostya maradt a szertartás végén, több mint amennyit azelőtt felszenteltek.

- Pio atya egyik lelki lánya éppen egy tőle érkezett levelet olvasott az út oldalán. A szél kifújta a levelet a kezéből, távol, a lejtőn le egy rétre.
A levél a nőtől messzire repült, azután hirtelen abbahagyta a repülést és megállapodott egy kövön. Így a nő visszakapta a levelét.
A következő nap találkozott Pió atyával aki azt mondta neki:
"Legközelebb figyelj a szélre. Ha nem tettem volna a lábamat a levélre, a szél messze röpítette volna, le a völgybe."

- Cleonice mesélte, aki Pio atya lelki lánya volt: A második világháború alatt az unokaöcsém fogságba került. Nem kaptunk híreket róla egy éven keresztül, és mindenki azt hitte, hogy már meghalt. A szülei nagyon aggódtak az élete miatt.
Az anyja egy napon elment Pió atyához és letérdelt a szerzetes előtt, aki a gyóntatószékben volt: "Mondd el nekem, ha a fiam él.
Nem fogok innen addig elmenni, amíg nem mondod el nekem!"
- Pio atya együttérzett vele, és néhány könnycseppel az arcán azt mondta:
"Állj fel és menj békével."
- Néhány nappal később, nem tudtam ellenállni a fájdalom gondolatának, amit a szülők elviseltek, úgyhogy úgy döntöttem, hogy egy csodát kérek Pió atyától.
Mondtam neki:
"Atyám, egy levelet fogok írni az unokaöcsémnek, Giovanninónak.
A borítékra csak a nevét fogom írni, mert nem tudjuk, hogy ő hol van.
Te és az őrangyalod vigyétek el a levelet neki."
- Pio atya nem válaszolt, úgyhogy megírtam a levelet.
Este az éjjeliszekrényemre tettem, mielőtt ágyba bújtam volna. A következő reggelen nagy meglepetésemre, csodálkozásomra és félelmemre azt találtam, hogy a levél nem volt ott.
Hálálkodva mentem Pio atyához, de ő azt mondta nekem:
"A Miasszonyunknak adj hálát!"
Tizenöt nappal később az unokaöcsénk választ küldött a levélre.
Akkor a családunkban mindenki boldog volt, hálát és köszönetet mondott Istennek és Pió atyának.

- A második világháború alatt Luisa fia tiszt volt az Brit Királyi Haditengerészetnél. Luisa mindennap imádkozott a fia megtéréséért és üdvözüléséért.
Egy napon egy angol zarándok érkezett San Giovanni Rotondóba és néhány angol újság volt nála. Luisa el akarta olvasni őket. Az egyik hír egy elsüllyedt hadihajóról szólt, arról, amin a fiát állomásoztatták.
Sírva ment Pió atyához, aki vigasztalta őt: "Ki mondta neked, hogy a fiad meghalt?"
- Pio atya pontosan elmondta neki a szálloda nevét és címét, ahol a fiatal tiszt volt, miután megmenekült a hajótörésből az Atlanti-óceánon.
Ott várta az új szolgálati beosztását. Luisa egy levelet küldött neki, és néhány hét után választ kapott a fiától.

- Egy nő San Giovanni Rotondóban olyan jó ember volt, hogy Pio atya azt mondta róla, hogy lehetetlen volt hibát találni a lelkében, amit meg kellene bocsátani. Más szóval megérte, hogy a mennyországba mehessen. Paolina egyszer komolyan betegnek érezte magát. Az orvosok azt mondták, hogy nincs remény számára. A férje és öt gyereke a zárdába mentek hogy Pio atyával imádkozzanak és kérjék meg őt, hogy segítsen rajta.
Az öt gyerek közül kettő húzta Pio atya ruháját és sírt. Pio atyát ez felzaklatta, de megpróbálta vigasztalni őket és megígérte, hogy imádkozni fog értük, de semmi többet. Néhány nappal később a hetedik óra elején a szentséges atya viselkedése változott.
Valójában Paolina gyógyulását kérte és elmondta mindenkinek: "Húsvét napján fog feltámadni." De Nagypénteken Paolina öntudatát vesztette, és kómába esett. Néhány óra múlva, szombaton Paolina meghalt.
A rokonai közül néhány elvitte az esküvői ruháját, hogy ráadják az ország egy régi hagyománya szerint. Más rokonok a zárdába futottak, hogy csodát kérjenek Pio atyától.
Ő azt válaszolta nekik: "Ő újra élni fog" - és a Szentmise oltárához ment.
Pio atya elkezdte énekelni a Gloriát és amikor a harangok zúgása bejelentette Krisztus feltámadását, Pio atya hangja egy zokogással elcsuklott és a szemei tele voltak könnyel.
Ugyanabban a pillanatban Paolina feltámadt. Mindenféle segítség nélkül felkelt az ágyból, letérdelt és háromszor elimádkozta a Hiszekegyet. Azután felállt és mosolygott.
Meggyógyult... vagy jobb, ha azt mondjuk: feltámadt.
Tény, hogy Pió atya nem azt mondta: "magához fog térni", hanem azt: "fel fog támadni".
Amikor Paolinát megkérdezték, hogy mi történt az időszak alatt, amikor ő halott volt, azt válaszolta: "felmentem, mentem, mentem; amikor elértem egy nagy fénybe, visszatértem."

- "Az első lányomat, aki 1953-ban született, megmentette Pio atya, amikor ő tizennyolc hónapos volt," - mondta egy nő.
- 1955. január 6-ának reggelén a férjem és én templomban voltunk, ahova Szentmisére mentünk, a lányunk a nagyapjával otthon volt.
Történt egy baleset: a gyerek beleesett egy kádba, amiben forró vizet forraltak. Megégett a hasán és a hátán. Az orvos kijött egy órán belül, de azt mondta, vigyük kórházba azonnal, mert belehalhat a sebeibe. Ezért nem is adott gyógyszert nekünk. Ahogy az orvos elment, elkezdtem imádkozni Pio atya segítségéért. Majdnem dél volt.
Ahogy készültem, hogy menjünk a kórházba, a lányom, aki egyedül volt a hálószobában, hívott engem:
"Anyuci, nekem nincs is sebem már!" - "Hogy lehet az?" - Kérdeztem kíváncsian őt.
Azt válaszolta: "Pio atya jött el. A kezét az égésemre tette, és elvette a sebemet."
Valóban nem volt az égésnek nyoma a lányom testén, bár az orvos azt mondta nekem, hogy a lányom meg fog halni.

- San Giovanni Rotondo parasztjai szeretettel emlékeznek a következő eseményre. Tavasszal a mandulafák virágoztak és jó termést ígértek. De sajnos több millió falánk hernyó érkezett és falta fel a leveleket és virágokat. Nem kímélték még a héjat sem.
Miután két napon keresztül próbálták megállítani a fertőzést, a parasztok, akiknek a mandula volt az egyetlen gazdasági erőforrásuk - úgy döntöttek, hogy a problémáról beszélnek Pio atyával.
Pio atya megnézte a fákat a zárda ablakából és úgy döntött, hogy megáldja őket. Felvette a szent ünnepi ruhákat és elkezdett imádkozni. Amikor befejezte az imádkozást, vette a szenteltvizet és a kereszt jelét rajzolta vele a levegőbe a fák irányában.
Másnap a hernyók eltűntek de a mandulafák úgy néztek ki, mint csupasz botok. Ez katasztrófa volt: az aratás elveszett. Az, ami aztán történt, hihetetlen!
Bőséges termés volt; olyan aratás, amit azelőtt soha nem láttak, mert hogyan lehetséges, hogy a fák virágok nélkül gyümölcsöket teremjenek?
Hogy volt lehetséges, hogy olyanok voltak, mint a botok, és mégis gyümölcs nőtt rajtuk? A tudósok nem voltak képesek rá, hogy ennek a jelenségnek bármilyen magyarázatát adják.

- A zárda kertjében fák voltak; ciprusfák, egy kevés gyümölcs és néhány fenyő. Különösen nyári délutánokon Pio atya a barátaiból és vendégeiből álló társasággal együtt az árnyékban maradt, hogy egy kicsit felfrissüljön a tikkasztóan meleg időben.
Amint Pio atya néhány emberrel beszélt, sok madár hirtelen csicsergésbe kezdett, és nagy zajt csinált a fák árnyékában. A madarak valóságos zenekart alkottak.
Pio atya bosszússá vált, és miközben nézte a madarakat, annyit mondott: "Maradjatok csöndben!" Ekkor a madarak hirtelen elhallgattak. Azok az emberek, akik a kertben voltak, nagyon megdöbbentek!
Tény, hogy Pio atya beszélt a madarakkal, mint Assisi Szent Ferenc.